Ngành chức năng kiểm tra, giải quyết việc mộ liệt sỹ Hà Huy Hợp mai táng tại nghĩa trang liệt sỹ Vị Xuyên, tỉnh Hà Giang, nhưng khi gia đình lên di dời mộ thì phát hiện không có xương cốt của liệt sỹ trong mộ.
Qua kiểm tra xác minh, mộ liệt sĩ Hà Huy Hợp được an táng tại Nghĩa trang huyện Xín Mần, tỉnh Hà Giang; nhưng khi tiến hành khai quật thì không có hài cốt trong mộ. Để tìm và xác định hài cốt liệt sỹ Hà Huy Hợp, ngày 05/7/2016, Sở Lao động - Thương binh và Xã hội tỉnh Hà Giang có công văn về việc đề nghị giám định ADN để xác định hài cốt liệt sĩ Nguyễn Gia Ninh và liệt sĩ Hà Huy Hợp tại nghĩa trang liệt sĩ huyện Xín Mần, tỉnh Hà Giang trong đó có ghi: “Từ ngày 08/6/2016 đến ngày 10/6/2016 Sở Lao động - Thương binh và Xã hội tỉnh Hà Giang đã phối hợp với Bộ chỉ huy Quân sự tỉnh, Phòng Lao động - Thương binh và Xã hội huyện Xín Mần, Ban chỉ huy Quân sự huyện Xín Mần và Trung tâm giám định Công nghệ cao Gene Việt tiến hành khai quật từng ngôi mộ liệt sĩ chưa biết thông tin tại nghĩa trang liệt sĩ huyện Xín Mần để lấy mẫu sinh phẩm giám định ADN xác định danh tính liệt sĩ Nguyễn Gia Ninh và liệt sĩ Hà Huy Hợp”. Đến nay, chưa có kết quả giám định Gene đối với liệt sĩ Hà Huy Hợp.